Bei einer Kotuntersuchung wird der Kot des Tieres auf seine Bestandteile hin geprüft. Normalerweise setzt sich Tierkot aus den unverdaulichen Komponenten des Futters, verschiedenen Darmbakterien und körpereigenen Substanzen zusammen. Je nach Zusammensetzung des Kots können Rückschlüsse auf eventuelle Stoffwechselerkrankungen, Infektionen, parasitische Mitbewohner oder eine bakterielle Fehlbesiedlung des Darms rückgeschlossen werden. Der Magen-Darm-Trakt reagiert in der Regel auf verschiedenste Störungen mit den stereotypen Abwehrmechanismen Durchfall und/oder Erbrechen. Bakterielle Gasbildung führt zu Blähungen. Weitere Folgen sind Leberbelastung und sichtbares Unwohlsein mit sprödem Haarkleid. Die Ursachen können vielfältiger Natur sein, wobei die Gründe für Verschiebungen der Bakterienflora (Dysbiose) hier ebenfalls berücksichtigt werden.